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近年来，福建省科技厅坚持走“企业出题、政府立题、协同破题”的创新之路，建立起以企业为主体、产学研协同的研发模式。围绕全省主导产业和战略性新兴产业发展，属于聚焦产业重大目标产品、突破核心技术开展研发和产业化的应用类科技重大专项、重大创新平台和区域科技重大项目，均由企业为主承担、高校科研院所合作参与;属于原创性技术和解决行业共性技术问题，且可在行业中推广应用的项目，由高校科研院所为主、企业参与承担。
2013年，全省89.5%的研发投入由企业完成，84.2%的R&D活动人员集中在企业。新上省级科技项目(不含自然科学基金)中，由企业牵头或为主承担的项目经费占总经费比重达75.1%。全省技认定登记技术合同5361项，合同成交总金额53.99亿元，其中企业完成的技术开发、转让合同3600项，合同成交金额41.46亿元，分别占交易总数及交易总额的67.15、76.79%。全省共有高新技术企业1641家、创新型(试点)企业904家、省级企业工程技术研究中心271个、高新技术企业重点实验室32家、省级重点产业技术创新战略联盟28个、省级科技企业孵化器41家。
