台湾新当局上台后两岸形势出现一些新变化，两岸关系面临新挑战，但大陆持续“扩大民间交流、深化融合发展”。作为两岸交流合作的先行先试区域，福建与台湾融合发展依然砥砺前行。2016年福建批准台资项目1400多个，同比增长超过50%。当前，福建要继续秉持“两岸一家亲”的理念，把握中央赋予福建平潭综合实验区、中国(福建)自由贸易试验区、21世纪海上丝绸之路核心区、福州新区、福厦泉国家自主创新示范区、国家生态文明试验区这“六区叠加”政策的难得机遇，立足区位优势，加强重点区域合作，全面推进闽台融合发展，不断开创闽台交流合作新局面。

◆建设生态文明试验区和国家自主创新示范区，拓展闽台合作新空间

福建生态优势明显，但也面临加快发展与资源环境约束趋紧的压力，现有资源环境制度难以适应发展方式转变的需要。2014年中央批复福建建设全国首个生态文明先行示范区，2016年又在福建设立全国第一个省级生态文明试验区，系统开展生态文明体制改革综合试验。建设国家生态文明试验区，有利于树立节约资源和保护环境的绿色导向，构建促进绿色发展的体制机制，使福建的生态优势转化为发展优势，推动形成“机制活、产业优、百姓富、生态美”的新福建。

台湾地区在绿色发展方面起步较早，其重视环保宣传和社会参与，重视绿色生产和绿色消费，在推动绿色发展中积累了先进经验。闽台地理环境和气候相似，在生态文明建设方面，双方合作空间大。要积极探索制定两岸环保产业共通标准，建立两岸环保产业合作平台，推进两岸加强环保产业合作。鼓励两岸金融机构加大对环保企业的资金支持，推广PPP环保产业基金，吸引台湾同胞投资生态项目，参与大陆生态文明建设。

2016年6月，获批的福厦泉国家自主创新示范区确立了清晰的发展坐标，赋予了在海峡两岸协同创新方面先行先试的使命，即：打造连接海峡两岸、具有较强产业竞争力和国际影响力的科技创新中心，努力建设成为科技体制改革和创新政策先行区、海上丝绸之路技术转移核心区、海峡两岸协同创新和产业转型升级示范区。

在经济新常态下，要素禀赋差异和产业结构的互补性已经难以继续发挥对两岸经济合作的驱动作用，要加快福厦泉国家自主创新示范区建设，吸引、整合和聚集海峡两岸科技资源，推进两岸技术研发基地建设，解决闽台两岸共同关注的重大科学和关键技术问题，加快两岸科技成果转化和落地发展;同时，实施闽台产业对接升级计划，推动闽台产业深度融合，吸引台湾大企业来闽投资设厂，打造两岸高端制造业和生产性服务业，建设产业优势明显的两岸战略性新兴产业集聚区。